HACCPは、危害要因（HA）と重要管理点（CCP）の2つを指すもの、危害要因には生物・科学・物理があります。ここでは、HACCPの生物的危害要因について解説しますが、これは細菌・カビ・ウイルスなどの微生物に起因するものが大半を占めます。海外などの場合は、微生物が原因で起こる危害について製造工程の失敗が大きく要因しているといわれているのですが、その理由の中には何があるのでしょうか。CCPは重要管理点になるものですが、CCPに当たる殺菌処理の際に必要な時間で行われていなかったり、温度管理が不適切で微生物が残存してしまうケース、洗浄が不十分だったなどの理由で微生物が残存していて、食品加工品などを食べた消費者が食中毒になるなどのリスクが高くなるわけです。
HACCPにおける生物危害的要因を管理するときに着目しなければならないポイントは、温度や湿度などの管理と加工に要する時間管理と清掃といいます。生物的危害要因には、病原細菌（サルモネラ属菌・黄色ブドウ球菌・腸炎ビブリオ・ボツリヌス菌など）や腐敗微生物（乳酸菌群・バシラス属・クロストリジウム属・酵母など）、ノロウィルスやA型肝炎ウイルスなどのウイルス系危害要因、寄生虫（肝吸虫・横川吸虫・アニサキス・旋尾線虫など）や病原微生物（赤痢菌・コレラ菌・Q熱リケッチアなど）など、色々な要因があることが分かります。いずれも、適切な処置により危害要因をゼロに導くことができるようになるので、HACCPの中でも重視すべき部分だといえます。